Galeria Foksal powstała w 1966 roku. Inicjatywa założenia galerii, której uwaga skupiona byłaby na poszukiwaniu i akcentowaniu radykalnych zjawisk współczesnej sztuki pochodziła zarówno od krytyków: Wiesława Borowskiego, Anki Ptaszkowskiej, Mariusza Tchorka, jak i artystów: Tadeusza Kantora, Henryka Stażewskiego, Zbigniewa Gostomskiego, Edwarda Krasińskiego i Romana Owidzkiego.

Od początku istnienia — do dziś — siedzibą galerii jest kilka pomieszczeń zlokalizowanych w oficynie pałacu Zamoyskich. Nazwę przyjęto od ulicy przy której znajduje się budynek. Galeria Foksal nigdy nie identyfikowała się z jednym tylko kierunkiem awangardowej sztuki czy określoną programowo grupą artystyczną. Jej zainteresowanie ogniskowało się raczej na wyznaczaniu pewnych znaków orientacyjnych w specyficznej geografii nowoczesnej sztuki. Przyjęto zasadę pełnej kooperacji z artystami w kształtowaniu repertuaru wystaw. Spotkania, bliskie więzi krytyków z twórcami, dyskusje, a nawet spory decydowały nie tylko o realizacjach ekspozycji, ale też owocowały teoretycznymi refleksjami nad sensem działalności galerii („Teoria miejsca”, „Żywe Archiwum”). Wybór autorów, którzy prezentowali swoje prace określił rangę i znaczenie galerii. Wiele z pokazów, manifestacji, działań czy akcji miało prekursorski charakter przechodząc do historii sztuki. Dość przypomnieć, że z Foksalem współpracowali artyści tak wysokiej klasy jak: Tadeusz Kantor, Henryk Stażewski, Edward Krasiński, Zbigniew Gostomski, Lawrence Wiener, Daniel Buren, Ben Vautier, Christian Boltanski, Anselm Kiefer. Należy podkreślić, że jedynie nieliczni tu debiutowali. Wielu rozpoczynało karierę gdzie indziej i kontynuowało ją w rozmaitych miejscach na świecie.

Niemniej istnieje grupa artystów, których można nazwać rzeczywistymi współtwórcami  i sukcesorami Galerii Foksal. Formuła oddająca artystom część prerogatyw zarezerwowanych zwyczajowo dla „kierowników” czy krytyków sztuki cedowała na twórców również obowiązki i odpowiedzialność za losy galerii, jednocześnie wzmagając ich zaangażowanie w problemy codziennego jej funkcjonowania. Artyści (Zbigniew Gostomski, Edward Krasiński, Zygmunt Targowski) zaprojektowali niezmieniony,  aż do obecnych czasów, wystrój wnętrz (szafy, regały, krzesła), a także układ graficzny oraz krój czcionki liter na wysyłanych zaproszeniach i naklejanych przed galerią afiszach. To swoiste małe arcydzieła sztuki tworzące znak rozpoznawczy Foksalu.

Początkowo Galerię Foksal prowadzili: Wiesław Borowski wraz z Anką Ptaszkowską i Mariuszem Tchorkiem, a potem przez blisko 35 lat placówką zawiadywał nominalnie już tylko Wiesław Borowski. W latach 70. z galerią współpracował teoretyk sztuki — Andrzej Turowski, a później dołączyli m.in.: Milada Ślizińska i Jaromir Jedliński. Towarzyszyli jej także znakomici fotografowie jak: Tadeusz Rolke, Eustachy Kossakowski, Zygmunt Targowski, Jerzy Borowski, Piotr Barącz. Dzięki ich pracy galeria posiada unikalny zbiór tekstów  i dokumentacji fotograficznej artystycznych wydarzeń z ponad 40 lat. Z działającego w galerii, powszechnie dostępnego archiwum korzysta szerokie grono nie tylko krytyków i badaczy sztuki, ale także socjologów i antropologów kultury.

Od początku powstania Galeria Foksal była miejscem niekomercyjnym. Zawsze była instytucją państwową przechodzącą różne koleje, odgórnie zarządzanych reorganizacji. Do roku 1984 funkcjonowała w strukturze Pracowni Sztuk Plastycznych, a w okresie 1984–2000 w ramach Stołecznego Biura Wystaw Artystycznych. Obecnie jest placówką Mazowieckiego Instytutu Kultury (dawniej Mazowieckiego Centrum Kultury i Sztuki), zarządzanego przez Samorząd Województwa Mazowieckiego. W 1997 roku przy galerii powstała Fundacja Galerii Foksal. Jednakże po kilku latach, wraz z odejściem z pracy w galerii kilku jej członków, utworzyli oni całkowicie osobną instytucję, kierującą się innymi celami niż galeria. Mieszcząca się przy ul. Górskiego Fundacja Galerii Foksal jest odrębną placówką nie mającą bezpośrednich związków z Galerią Foksal.

Respektując fundamentalne zasady, nakreślone przez założycieli, galeria pozostaje miejscem niekomercyjnym. Kontynuowana jest również formuła ścisłej współpracy z artystami, która przez lata działalności obejmuje już kilka pokoleń twórców. W działalność galerii angażują się zarówno starsi artyści legitymujący się wysoką pozycją w historii sztuki jak: Zbigniew Gostomski, Koji Kamoji, Maria Stangret, Christian Boltanski, Anselm Kieler, jak i zaliczani do średniej generacji: Tomasz Ciecierski, Tomasz Tatarczyk, Krzysztof Bednarski, Leon Tarasewicz, Marek Chlanda, Mirosław Bałka oraz najmłodszej: Wojciech Gilewicz, Daniel Malone, Angelika Markul, Marzena Nowak, Anna Ostoya, Bianka Rolando, Radek Szlaga, Honza Zamojski. Nieocenioną pomocą służy też zespołowi Wiesław Borowski.

Równolegle z działaniami promującymi młodych autorów Galeria Foksal zajmuje się też utrwalaniem dorobku starszego pokolenia twórców. Wychodząc z założenia, że tylko artyści są wyjątkowi, a nie kierunki oferuje twórcom swobodę i możliwość pełnej samorealizacji. W sytuacji żywiołowego rozwoju rynku sztuki, powstających wciąż nowych galerii, nastawionych na szybki zysk ze sprzedaży dzieł często wątpliwej klasy, Foksal przyjmuje na siebie obowiązek bronienia sztuki o wysokiej wartości artystycznej, która niekoniecznie jest atrakcyjna rynkowo. Często bowiem to co najciekawsze powstaje z daleka od komercji lub w ironicznym do niej stosunku. Trzeba podkreślić, że Galeria Foksal nie występuje przeciwko komercjalizacji, ale jedynie pragnie zachować miejsce nie uwikłane w mechanizmy rynkowe, miejsce w którym można również uprawiać niezależną, nieskrępowaną wymogami galerzystów, krytykę artystyczną.